その効果は配合されている薬剤により違います。
例えばフッ素が配合されているものは、虫歯予防に効果があります。
クロルヘキシジンなど殺菌効果のある薬剤が配合されているものは、歯周病の予防に効果があるとされています。

しかし、市販されているもので「殺菌効果がある」とうたっているものは、細菌に直接液体がかからないと効果がありません。
歯に付いている細菌たちはバイオフィルムという膜に守られているので、殺菌効果のある洗口剤を使っても死滅させることはできません。